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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
05/01/2024 |
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Data da última atualização: |
05/01/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PASCHOAL, A. R.; FERNANDES, E. D. M.; SILVA, J. C.; LOPES, F. M.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S. |
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Afiliação: |
A. R. PASCHOAL, UNIVERSIDADE TECNOLÓGICA FEDERAL DO PARANÁ; E. D. M. FERNANDES, INSTITUTO AGRONÔMICO DO PARANÁ; J. C. SILVA, UNIVERSIDADE TECNOLÓGICA FEDERAL DO PARANÁ; F. M. LOPES, UNIVERSIDADE TECNOLÓGICA FEDERAL DO PARANÁ; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, CNPCa; D. S. DOMINGUES, INSTITUTO AGRONÔMICO DO PARANÁ. |
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Título: |
CoffeebEST: an integrated resource for Coffea spp expressed sequence tags. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 13, n. 4, p. 10913-10920, 2014. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Coffee is one of the most important commodities in the world, and its production relies mainly on two species, Coffea arabica and Coffea canephora. Although there are diverse transcriptome datasets available for coffee trees, few research groups have exploited the potential knowledge contained in these data, especially with respect to fruit and seed development. Here, we present a comparative analysis of the transcriptomes of Coffea arabica and Coffea canephora with a focus on fruit development using publicly available expressed sequence tags (ESTs). Most of the fruit and seed EST data has been obtained from C. canephora. Therefore, we performed a fruit EST analysis of the 5 developmental stages of this species (18, 22, 30, 42, and 46 weeks after flowering) comprising 29,009 sequences. We compared C. canephora fruit ESTs to reference unigenes of C. canephora (7710 contigs and 8955 singletons) and C. arabica (15,656 contigs and 16,351 singletons). Additional analyses included functional annotation based on Gene Onthology, as well as an annotation using PlantCyc, a curated plant protein database. The Coffee Bean EST (CoffeebEST) is a public database available at http://bioinfo-02.cp.utfpr.edu.br/. This database represents an additional resource for the coffee scientific community, offering a user-friendly collection of information for non-specialists in coffee molecular biology to support experimental research on comparative and functional genomics. |
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Thesagro: |
Coffea Arábica; Coffea Canephora. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Expressed sequence tags; Fruits; Transcriptome. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1160475/1/CoffeebEST.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
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Registro |
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| Registros recuperados : 11 | |
| 1. |  | AZEVEDO, H.; LOPES, F. M.; SILLA, P. R.; HUNGRIA, M. A database for the taxonomic and phylogenetic identification of the genus Bradyrhizobium using multilocus sequence analysis. BMC Genomics, London, v. 16, 2015. Suppl 5, S10. 11 p. Edição dos Proceedings of the 10th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting 2014), Belo Horizonte, Oct. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 5. | | PACANHELA, E. F.; RONDINA, A. B. L.; NOGUEIRA, M. A.; HUNGRIA, M.; SAITO, P. T. M.; LOPES, F. M. Análise e Classificação Automática de Nódulos em Raízes de Cultivares de Soja. In: BRAZILIAN E-SCIENCE WORKSHOP (BRESCI), 16., 2022, Niterói. Anais [...]. Porto Alegre: SBC, 2022. p. 41-48.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 7. | | SILVA, C. N. da; FALEIRO, F. G.; JUNQUEIRA, N. T. V.; COSTA, A. M.; LOPES, F. M. Caracterização morfoagronômica e ganhos de seleção em progênies de meio-irmãos de Passiflora maliformis L. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA CERRADOS, 2015, Planaltina, DF. Jovens Talentos 2015: resumos. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2015. (Embrapa Cerrados. Documentos, 328). p. 29| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 8. | | D'ABADIA, A. C. A.; FALEIRO, F. G.; COSTA, A. M.; JUNQUEIRA, N. T. V.; BRAGA, M. F.; LOPES, F. M. Características físicas de frutos de maracujazeiro-doce sob diferentes sistemas de condução. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA CERRADOS, 2015, Planaltina, DF. Jovens Talentos 2015: resumos. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2015. (Embrapa Cerrados. Documentos, 328). p. 25| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 9. | | PASCHOAL, A. R.; FERNANDES, E. D. M.; SILVA, J. C.; LOPES, F. M.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S. CoffeebEST: an integrated resource for Coffea spp expressed sequence tags. Genetics and Molecular Research, v. 13, n. 4, p. 10913-10920, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 10. | | SILVA, C. N. da; FALEIRO, F. G.; JUNQUEIRA, N. T. V.; COSTA, A. M.; LOPES, F. M. Diferencial de seleção em progênies de passiflora maliformis. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 11. | | DABADIA, A. C. A.; FALEIRO, F. G.; COSTA, A. M.; JUNQUEIRA, N. T. V.; BRAGA, M. F.; LOPES, F. M. Variabilidade genética e características físicas de frutos de matrizes selecionadas de maracujazeiro doce. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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